雖然極巨化和超極巨化寶可夢有許多相似之處，但牠們仍有幾個值得注意的不同點。

只有特定品種的寶可夢能超極巨化──但即便是這些品種的寶可夢，也只有少數個體能超極巨化。 大部分寶可夢在極巨化後外表將維持不變。

要在極巨對戰中遇見並捕捉超極巨化寶可夢比極巨化寶可夢要難得多。 每場挑戰超極巨化寶可夢的極巨對戰最多可以有20名訓練家參加。

雖然你最多可以攜帶3個極巨寶可夢參與挑戰超極巨化寶可夢的極巨對戰（就跟對抗極巨化寶可夢一樣），但如果你所有的寶可夢都被擊倒，直到對戰結束前牠們都不會回復。 如果你的寶可夢都陷入瀕死狀態，你可以選擇聲援其他訓練家。 聲援能增加其他訓練家的極巨化量表。

一旦你捕捉到超極巨化寶可夢，你可能會發現某些特定的超極巨化寶可夢無法進化（例如超極巨化「皮卡丘」或超極巨化「伊布」），原因是這些寶可夢的進化形態不能超極巨化。

最後，超極巨化寶可夢雖然可以和朋友交換，但在交換時將一律視為特殊交換。