淨化結晶是一個可以在暗影團體戰中協助你打敗暗影團體戰頭目的特殊道具。

想要獲得淨化結晶，你必須先在寶可夢對戰中擊退GO火箭隊手下、幹部和阪木老大，從他們手中蒐集暗影碎片。 當你擊敗他們時，會掉落暗影寶石的碎片作為獎勵的一部份。 蒐集4個暗影碎片，到淨化機器製造淨化結晶。 一次最多只能持有10個淨化結晶。

成功製作出淨化結晶後，當暗影團體戰的頭目寶可夢失控時，你就可以使用它。 淨化結晶 可以制服暗影團體戰頭目，讓牠們失去失控狀態，並更好對付牠們。

如果其他的訓練家也在同一場暗影團體戰中使用淨化結晶，效果將會疊加。 在暗影團體戰中，每位訓練家最多只能使用5次淨化結晶。