Belirli zamanlarda PokéDurağı her gece yarısı döndürmenize gerek kalmadan bonus görev alırsınız. Bu görevler, PokéDuraklardan alınan Alan Araştırması görevlerinden farklıdır ve bulunduğunuz her yerden tamamlayabileceğiniz aktiviteler içerir.  

Açık bir Alan Araştırması yuvanız yoksa bonus görevi yerleştirmek için dördüncü bir yuva açılır. Dört yuvanız da doluysa bir Alan Araştırması görevini (bonus görev veya PokéDurak'tan alınan bir görev) tamamlayarak diğer bonus görev için yer açmanız gerekir.