แม้ว่าจะมีความคล้ายคลึงกันมากระหว่างโปเกมอนไดแมกซ์และโปเกมอนกิกะแมกซ์ แต่ก็มีความแตกต่างที่เห็นได้ชัดอยู่บางประการ

มีโปเกมอนบางสายพันธุ์เท่านั้นที่สามารถกิกะแมกซ์ได้ และแม้ในกลุ่มสายพันธุ์ดังกล่าว ก็มีเพียงสายพันธุ์หายากเท่านั้นที่จะสามารถกิกะแมกซ์ได้ ส่วนใหญ่จะคงรูปลักษณ์ปกติไว้เมื่อไดแมกซ์

การเผชิญหน้าและการจับโปเกมอนกิกะแมกซ์ในแบตเทิลแมกซ์นั้นก็จะยากกว่าโปเกมอนไดแมกซ์เช่นกัน เทรนเนอร์สามารถแบตเทิลแมกซ์กับโปเกมอนกิกะแมกซ์ได้มากถึง 20 คน!

แม้ว่าคุณจะนำโปเกมอนแมกซ์เข้าร่วมได้สูงสุด 3 ตัวในแบตเทิลแมกซ์กับโปเกมอนกิกะแมกซ์ เช่นเดียวกับในแบตเทิลแมกซ์กับโปเกมอนไดแมกซ์ แต่หากโปเกมอนของคุณทั้งหมดถูกน็อคเอาท์ พวกมันจะไม่ฟื้นคืนจนกว่าการต่อสู้จะสิ้นสุดลง แต่เมื่อโปเกมอนของคุณหมดสติจนหมด คุณจะสามารถเชียร์เทรนเนอร์คนอื่น ๆ แทนได้ การเชียร์จะช่วยส่งเสริมให้มิเตอร์แมกซ์ของเทรนเนอร์คนอื่น ๆ เพิ่มขึ้น

เมื่อคุณจับโปเกมอนกิกะแมกซ์ได้แล้ว คุณจะพบว่าโปเกมอนกิกะแมกซ์บางตัวจะไม่สามารถวิวัฒนาการได้ (เช่น พิคาชูกิกะแมกซ์หรืออีวุยกิกะแมกซ์) หากร่างวิวัฒนาการของพวกมันไม่สามารถกิกะแมกซ์ได้

สุดท้ายนี้ แม้ว่าจะสามารถแลกเปลี่ยนโปเกมอนกิกะแมกซ์กับเพื่อนได้ แต่การแลกเปลี่ยนเหล่านี้จะเป็นการแลกเปลี่ยนแบบพิเศษเสมอ