Al raggiungimento del livello 5 e dopo aver visitato una Palestra, potrai scegliere una delle tre squadre: Istinto (gialla), Saggezza (blu) o Coraggio (rossa). Resterai con la tua squadra durante tutto il viaggio in Pokémon GO, quindi scegli saggiamente! Gli Allenatori delle squadre avversarie lottano per il controllo delle Palestre, che assumono il colore della squadra che se ne impossessa.
Se desideri cambiare squadra, puoi acquistare il Medaglione delle squadre nel negozio. Si tratta di un oggetto monouso che può essere acquistato solo una volta all'anno. Per avviare il processo di modifica della squadra, tocca l'oggetto nella tua Borsa.
Nota importante: se alcuni dei tuoi Pokémon si trovano nelle Palestre, non potrai più dare loro delle Bacche a distanza. Questi Pokémon torneranno nel tuo Spazio Pokémon una volta sconfitti o se visiterai quella Palestra. Non riceverai nessuna Pokémoneta per difendere quelle Palestre.