Permata Purifikasi merupakan item spesial yang dapat digunakan di Raid Bayangan untuk membantu mengalahkan Bos Raid Bayangan.
Untuk membuat Permata Purifikasi, Anda harus mengumpulkan Serpihan Bayangan dengan mengalahkan Bawahan, Pemimpin, dan Giovanni Tim Roket Go dalam Pertarungan Pokémon. Mereka akan menjatuhkan Serpihan Permata Bayangan sebagai bagian dari hadiah untuk mengalahkan mereka. Kumpulkan 4 Serpihan Permata Bayangan dan gunakan Pemurni Serpihan untuk membuat Permata Purifikasi. Annda bisa menyimpan hingga 10 Permata Purifikasi.
Setelah membentuk Permata Purifikasi, Anda dapat menggunakannya dalam Pertarungan Raid Bayangan, saat Bos Raid marah. Permata Purifikasi dapat menaklukkan Bos Raid Bayangan, menetralkan amarah mereka, dan membuatnya lebih mudah dikalahkan.
Efek ini akan bertumpuk jika Pelatih lain dalam Pertarungan Raid Bayangan juga menggunakan Permata Purifikasi. Tiap Pelatih dapat menggunakan hingga 5 Permata Purifikasi di Pertarungan Raid Bayangan.