Pelatih dapat menggunakan Pokémon Evolusi Mega dengan berbagai cara:
Raid - Selain mendapatkan peningkatan CP, serangan, pertahanan, dan HP, Pokémon Evolusi Mega memberi Pokémon lain bonus spesial saat dibawa ke Pertarungan Raid. Selama Pokémon Evolusi Mega berada di medan pertarungan, semua Pokémon Pelatih menerima bonus serangan pada semua serangannya dan mendapatkan bonus serangan tambahan jika tipe serangannya sama dengan tipe Pokémon Evolusi Mega. Namun, bonus ini tidak terakumulasi jika ada beberapa Pokémon Evolusi Mega yang bertarung secara bersamaan, dan bonus serangan tertingggi akan berlaku.
Anda dapat melakukan Evolusi Mega pada Pokémon dari Lobi Raid. Jika Anda memiliki Pokémon di Sekutu Raid yang memenuhi syarat untuk Evolusi Mega, sebuah ikon Evolusi Mega akan muncul di pojok kiri atas Sekutu Pertarungan Anda. Ketuk untuk memilih salah satu Pokémon yang memenuhi syarat untuk melakukan Evolusi Mega sebelum Pertarungan Raid dimulai.
Di Lobi Raid, Pelatih dengan Pokémon Evolusi Mega yang aktif akan memiliki ikon Mega di sebelah avatarnya dan aura di sekitarnya:
Pertarungan Gym - Anda dapat bertarung di Gym dengan Pokémon Evolusi Mega, tetapi ingatlah bahwa Anda tidak dapat meninggalkannya di Gym untuk mempertahankannya. Bonus serangan yang berlaku pada Pertarungan Raid juga berlaku pada Pertarungan gym. Jika Anda sedang menyerang Gym dengan Pokémon Mega, Pelatih lain yang menyerang Gym di saat yang sama akan menerima bonus pada semua serangan mereka dan bonus serangan tambahan jika tipe serangan sama dengan tipe Pokémon Evolusi Mega.
Pertarungan Tim Roket GO - Gunakan Pokémon Evolusi Mega untuk melawan Bawahan atau Pemimpin Tim Roket GO, termasuk Giovanni.
Pertarungan Teman - Anda dapat melawan seseorang dari Daftar Teman dengan Pokémon Evolusi Mega Anda, tetapi Pokémon Evolusi Mega tidak dapat digunakan di GO Battle League, kecuali selama event kejuaraan khusus.
Jadikan mereka partner Anda - Anda dapat menjadikan Pokémon Evolusi Mega sebagai partner aktif. Jika Anda adalah Partner Terbaik, Anda akan mendapatkan bonus CP Partner Terbaik di samping bonus Evolusi Mega.
Mengambil Foto GO - Anda dapat mengambil Foto GO dari Pokémon Evolusi Mega sebagaimana Anda melakukannya pada Pokémon biasa.
Menangkap Pokémon lain - Anda bisa mendapatkan Permen Pokémon tambahan jika Anda memiliki Pokémon Evolusi Mega yang aktif dan Anda menangkap Pokémon yang bertipe sama dengan Pokémon Evolusi Mega Anda.