Setelah mencapai level 5 dan mengunjungi Gym, Anda dapat memilih untuk bergabung dengan tiga tim: Instinct (kuning), Mystic (biru), atau Valor (merah). Anda akan tetap bersama tim selama petualangan Pokémon GO, maka pilihlah tim dengan hati-hati! Pelatih dari tim lawan bertarung untuk menguasai Gym, yang terlihat dari warna Gym.

Jika ingin berganti tim, Anda dapat membeli Tim Medallion di Toko. Ini adalah item satu kali pakai yang hanya dapat dibeli setiap 365 hari sekali. Untuk memulai proses pergantian tim, ketuk item di Tas Anda.

Catatan penting: Jika saat ini Anda memiliki Pokémon di Gym, maka pemberian makan buah beri jarak jauh akan dinonaktifkan. Pokémon ini akan dikembalikan ke Penyimpanan Pokémon Anda setelah dikalahkan atau jika Anda mengunjungi Gym tersebut. Anda tidak akan menerima PokéCoin apa pun dengan melindungi Gym tersebut.