ट्रेनर्स मेगा-एवॉल्व पोकेमॉन का कई तरह से इस्तेमाल कर सकते हैं:
रेडिंग - CP, अटैक, डिफ़ेंस, HP को बेहतर बनाने के अलावा, मेगा-एवॉल्व पोकेमॉन रेड बैटल में लाए जाने पर दूसरे पोकेमॉन को स्पेशल बोनस देते हैं. जब मेगा-एवॉल्व पोकेमॉन बैटलफ़ील्ड में होता है, तो सभी ट्रेनर्स के पोकेमॉन को उनके सभी अटैक के लिए अटैक बूस्ट मिलता है और अगर उनका अटैक का प्रकार मेगा-एवॉल्व पोकेमॉन के प्रकार से मैच करता है, तो उन्हें एक अतिरिक्त अटैक बूस्ट हासिल होता है. हालांकि, अगर मेगा-एवॉल्व हुए कई पोकेमॉन एक साथ बैटल कर रहे हैं, तो ये बोनस जमा नहीं होते हैं और सबसे ज़्यादा संभावित अटैक बूस्ट लागू होगा.
आप रेड लॉबी से अपने पोकेमॉन को मेगा एवॉल्व कर सकते हैं. अगर आपकी रेड पार्टी में ऐसा पोकेमॉन है जो मेगा एवॉल्व किए जाने के योग्य है, तो आपकी बैटल पार्टी के ऊपरी बाएं कोने में मेगा एवॉल्यूशन आइकन दिखाई देगा. रेड बैटल शुरू होने से पहले आपके किस योग्य पोकेमॉन को मेगा एवॉल्व करवाना है, उसे चुनने के लिए टैप करें.
रेड लॉबी में, जिन ट्रेनर के पास एक्टिव मेगा एवॉल्व पोकेमॉन होता है, उनके अवतार के पास एक मेगा आइकन होता है और उनके आस-पास ऑरा होता है.
जिम बैटलिंग - आप मेगा-एवॉल्व पोकेमॉन के साथ जिम में बैटल कर सकते हैं, लेकिन यह ध्यान रखें कि आप उन्हें जिम को डिफ़ेंड करने के लिए वहां छोड़ नहीं सकते. रेड बैटल पर लागू होने वाला अटैक बूस्ट, जिम बैटल पर भी लागू होता है. अगर आप मेगा पोकेमॉन के साथ जिम पर अटैक कर रहे हैं, तो उसी समय जिम पर अटैक करने वाले अन्य ट्रेनर को उनके सभी अटैक के लिए बूस्ट मिलेगा और अगर उनके अटैक के प्रकार, मेगा-एवॉल्व पोकेमॉन के अटैक के प्रकारों से मैच करते हैं, तो अतिरिक्त अटैक बूस्ट मिलेगा.
बैटलिंग टीम GO रॉकेट - टीम GO रॉकेट जूनियर या लीडर्स से बैटल करने के लिए अपने मेगा-एवॉल्व पोकेमॉन का उपयोग करें, इसमें जोवानी शामिल है.
बैटलिंग दोस्त - आप अपने मेगा-एवॉल्व पोकेमॉन के साथ अपनी दोस्त की लिस्ट में से किसी से भी बैटल कर सकते हैं, लेकिन मेगा-एवॉल्व पोकेमॉन का इस्तेमाल, केवल खास ईवेंट कप को छोड़कर, और किसी GO बैटल लीग में नहीं किया जा सकता.
उन्हें अपना पार्टनर बनाएँ - आप मेगा-एवॉल्व पोकेमॉन को अपने एक्टिव पार्टनर के रूप में सेट कर सकते हैं. अगर आप सबसे अच्छे पार्टनर हैं, तो आपको मेगा एवॉल्यूशन बूस्ट के साथ ही आपके सबसे अच्छे पार्टनर का CP बूस्ट भी मिलेगा.
GO स्नैपशॉट लें - आप मेगा-एवॉल्व पोकेमॉन का GO स्नैपशॉट ले सकते हैं, वैसे ही जैसे आप सामान्य पोकेमॉन के साथ लेते हैं.
अन्य पोकेमॉन को पकड़ना - जब आपके पास एक्टिव मेगा-एवॉल्व पोकेमॉन होता है और आप ऐसा पोकेमॉन पकड़ते हैं जिसका प्रकार आपके मेगा-एवॉल्व पोकेमॉन से मैच होता है तब आप अतिरिक्त पोकेमॉन कैंडी पा सकते हैं.