Les Dresseurs peuvent utiliser les Pokémon Méga-Évolués de différentes manières :
Raids : En plus d'avoir amélioré les PC, l'attaque, la défense et les PV, les Pokémon Méga-Évolués donnent aux autres Pokémon des bonus spéciaux lorsqu'ils se retrouvent dans un Combat de Raid. Lorsqu'un Pokémon Méga-Évolué est sur le champ de bataille, tous les Pokémon du Dresseur reçoivent un boost d'attaque pour toutes leurs attaques et obtiennent un boost d'attaque supplémentaire si leurs types d'attaque correspondent au(x) type(s) du Pokémon Méga-Évolué. Cependant, ces bonus ne se cumulent pas si plusieurs Pokémon Méga-Évolués se battent ensemble, et le bonus d'attaque le plus élevé possible sera appliqué.
Vous pouvez faire Méga-Évoluer vos Pokémon depuis la Salle d’attente de Raids. Si vous avez un Pokémon dans votre Équipe de Raid qui est éligible à la Méga-Évolution, une icône Méga-Évolution apparaîtra dans le coin supérieur gauche de votre Équipe de Combat. Appuyez sur un Pokémon éligible à la Méga-Évolution avant le début du Combat de Raid pour le faire Méga-Évoluer.
Dans le salon du Raid, les Dresseurs ayant un Pokémon Méga-Évolué ont une icône Méga à côté de leur avatar et une aura qui les entoure :
Combats d'arènes : Vous pouvez vous battre dans les Arènes avec des Pokémon Méga-Évolués, mais notez que vous ne pouvez pas les laisser dans une Arène pour la défendre. Le boost d'attaque appliqué aux Combats de Raid s'applique également aux combats d'Arène. Si vous attaquez une Arène avec un Pokémon Méga, les autres Dresseurs attaquant l'Arène au même moment recevront un boost pour toutes leurs attaques ainsi qu'un boost d'attaque supplémentaire si leurs types d'attaque correspondent au(x) type(s) du Pokémon Méga-Évolué.
Combats contre la Team GO Rocket : Utilisez vos Pokémon Méga-Évolués pour combattre les Sbires ou les chefs de la Team GO Rocket, dont Giovanni.
Combats contre des amis : Vous pouvez combattre quelqu'un de votre liste d'amis avec votre Pokémon Méga-Évolué, mais le Pokémon Méga-Évolué ne peut pas être utilisé dans la Ligue Combat GO à l'exception de certaines coupes spéciales.
Copains Pokémon : Vous pouvez faire d'un Pokémon Méga-Évolué votre copain. Si vous êtes Meilleurs copains, vous obtiendrez votre boost de PC Meilleurs copains en plus des boost de Méga-Évolution.
Clichés GO : Vous pouvez prendre des clichés GO de Pokémon Méga-Évolués tout comme vous le feriez avec des Pokémon normaux.
Attraper d'autres Pokémon : Vous pouvez gagner des Bonbons Pokémon supplémentaires lorsque vous avez un Pokémon Méga-Évolué actif et que vous attrapez un Pokémon ayant un type en commun avec votre Pokémon Méga-Évolué.