À minuit toutes les nuits pendant des périodes définies, vous recevrez une mission bonus sans avoir à faire tourner un PokéStop. Ces missions seront différentes des missions d'Étude de terrain que vous recevez des PokéStops et incluront des activités que vous pouvez effectuer où que vous soyez. 

Si vous ne disposez pas d'un emplacement d'Étude de terrain libre, un quatrième emplacement s'ouvrira pour accueillir votre mission bonus. Si vos quatre emplacements sont déjà occupés, vous devrez remplir une mission d'Étude de terrain (mission bonus ou mission récupérée sur un PokéStop) pour libérer une place pour une autre mission bonus.