Lorsque vous commencez à attraper un grand nombre Pokémon, vous pouvez en envoyer certains au Professeur Willow afin de libérer de l'espace de stockage de Pokémon. Vous recevrez des Bonbons en échange du transfert d'un Pokémon, mais attention : vous ne pouvez pas récupérer un Pokémon que vous avez transféré.
 
Pour transférer un Pokémon :
  1. Dans la Vue Carte, appuyez sur le bouton Menu principal .
  2. Appuyez sur le bouton Pokémon .
  3. Sélectionnez un Pokémon dans votre liste.
  4. Appuyez sur le bouton Menu  et sélectionnez "Transférer".
Remarque : vous ne pouvez pas transférer votre Copain Pokémon actuel, vos Pokémons favoris et ceux que vous avez mis en défense d'Arène.
 
Pour transférer plusieurs Pokémons d'un coup :
  1. Dans la Vue Carte, appuyez sur le bouton Menu principal .
  2. Appuyez sur le bouton Pokémon .
  3. Repérez un Pokémon que vous souhaitez transférer. Appuyez dessus et maintenez jusqu'à ce que le Pokémon soit sélectionné.
  4. Appuyez sur les autres Pokémon que vous voulez transférer. 
  5. Pour transférer les Pokémon sélectionnés, appuyez sur le bouton « Transférer ».
Remarque : Pour transférer plusieurs Pokémon Légendaires ou Fabuleux, vous devez d'abord activer cette option dans les paramètres de votre application.
   

Vous ne pouvez pas transférer plusieurs Pokémon Chromatiques, Pokémon Chanceux ou Copains Pokémon avec lesquels vous avez le statut Bon copain à la fois. En outre, certains Pokémon Légendaires et Fabuleux (par exemple Mew, Celebi) ne peuvent pas être sélectionnés pour le transfert.