Las Gemas Purificadas son objetos especiales que se pueden usar en una incursión oscura para ayudar a derrotar a su jefe.
Para crear una Gema Purificada, tienes que recoger Esquirlas Oscuras derrotando a los Reclutas del Team GO Rocket, los líderes y a Giovanni en combates Pokémon. También dejarán caer fragmentos de Gemas Oscuras a modo de premio por derrotarlos. Recoge cuatro Esquirlas Oscuras y utiliza el Pulidor de Esquirlas para crear una Gema Purificada. Puedes tener hasta un máximo de diez Gemas Purificadas al mismo tiempo.
Una vez que hayas formado una Gema Purificada, la podrás usar en una incursión oscura, cuando el jefe de incursión esté encolerizado. Las Gemas Purificadas se pueden usar para neutralizar el estado de cólera del jefe de incursión oscura y facilitar su derrota.
Este efecto se acumulará si otros Entrenadores de la incursión oscura también usan Gemas Purificadas. Cada Entrenador podrá usar hasta cinco Gemas Purificadas en una incursión oscura.