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Los Pikmin son animales misteriosos y diminutos parecidos a plantas. En este mundo, los Pikmin se han transformado en plántulas y están en letargo. Tu objetivo es hacer que los Pikmin regresen a su forma original y hacer de este mundo un lugar donde puedan prosperar.

Las plántulas que plantas en el semillero de la mochila jardinera crecen gracias a la energía de paseo. Acumulas energía de paseo al andar con el móvil. Cuando tengas energía de paseo suficiente como para que una plántula madure, podrás arrancar al Pikmin del semillero.

Cuando pasees con tu pelotón de Pikmin, es posible que encuentren fruta u otros objetos por el camino. Toca el botón del silbato para ir al jardín de Pikmin y pasa el dedo por encima de las frutas que tengan para recogerlas y que se transformen en néctar. Si le das néctar suficiente a un Pikmin, le brotará una flor en la cabeza. Podrás recoger los pétalos de la flor y plantarlos.
Hay muchos tipos de fruta y, por tanto, muchos tipos de néctar. Cuando le des de comer a un Pikmin, te proporcionará pétalos del mismo color que el néctar que haya ingerido.

El mapa muestra tu ubicación actual en el mundo real y registra los sitios en los que has estado.

Puedes usar los pétalos que has recogido de tus Pikmin para plantar flores por los sitios que has visitado.
Esto ofrece muchas ventajas; por ejemplo, las plántulas se desarrollarán más rápido y las flores gigantes que haya cerca crecerán, lo que te permitirá obtener fruta especial.

Para saber más sobre cómo plantar flores, consulta el artículo "Cómo plantar flores".

Si envías a tus Pikmin a una expedición, podrás hacer que recojan plántulas, fruta y otros objetos que te hayas encontrado paseando.

Para saber más sobre cómo funcionan las expediciones, consulta el artículo "Expedición".