Du kannst Mega-Pokémon auf verschiedene Arten einsetzen:
 
Raid-Kämpfe: Mega-Pokémon haben nicht nur mehr WP, Angriff, Verteidigung und KP, sondern stärken auch andere Pokémon, die an Raid-Kämpfen teilnehmen. Während ein Mega-Pokémon im Kampf ist, erhalten die Pokémon aller anderen Trainer einen Angriffsbonus für alle Attacken und einen zusätzlichen Angriffsbonus für Attacken, deren Typ mit einem der Typen des Mega-Pokémon übereinstimmt. Diese Boni werden jedoch nicht gestapelt, wenn mehrere Mega-Pokémon gleichzeitig kämpfen. Es wird jeweils der höchstmögliche Angriffsbonus angewendet.
 
Du kannst die Mega-Entwicklung jetzt über die Raid-Lobby auslösen. Wenn sich ein Pokémon in deinem Kampfteam befindet, das die Mega-Entwicklung vollführen kann, wird das Mega-Symbol links über deinem Kampfteam angezeigt. Tippe auf dieses, um das Pokémon auszuwählen, bei dem vor Beginn des Raid-Kampfes die Mega-Entwicklung ausgelöst werden soll.
 
In der Raid-Lobby werden Trainer mit einem aktiven Mega-Pokémon mit einem Mega-Symbol neben ihrem Avatar und einer speziellen Aura angezeigt:
 
Arenakämpfe: Du kannst mit deinem Mega-Pokémon in Arenen kämpfen, aber es kann diese nicht verteidigen. Der Angriffsbonus gilt für Raid-Kämpfe und Arenakämpfe. Wenn du eine Arena mit einem Mega-Pokémon angreifst, werden die Attacken aller anderen Trainer verstärkt, die die Arena zur gleichen Zeit angreifen. Wenn Attacken vom Typ des Mega-Pokémon eingesetzt werden, werden diese zusätzlich verstärkt.
 
Kämpfe gegen Team GO Rocket: Setze dein Mega-Pokémon ein, um gegen Team GO Rocket-Rüpel, -Vorstände oder den Boss Giovanni zu kämpfen.
 
Kämpfe gegen Freunde: Du kannst mit deinem Mega-Pokémon gegen Freunde kämpfen. In der GO-Kampfliga kann es jedoch nur bei besonderen Event-Cups eingesetzt werden.
 
Kumpel-Pokémon: Du kannst ein Mega-Pokémon als aktiven Kumpel auswählen. Wenn es dein Bester Kumpel ist, wird der WP-Bonus zu den Boni der Mega-Entwicklung addiert.
 
GO-Schnappschuss: Du kannst GO-Schnappschüsse von deinem Mega-Pokémon machen – genau wie von gewöhnlichen Pokémon.
 
Andere Pokémon fangen: Du erhältst zusätzliche Bonbons, wenn du ein aktives Mega-Pokémon besitzt und ein Pokémon fängst, das den gleichen Typ wie das Mega-Pokémon hat.